Sông Hoàng Long từ xưa có tên là sông Đại Hoàng[3]. Theo truyền thuyết, Đinh Tiên Hoàng (Đinh Bộ Lĩnh) khi còn nhỏ đã tự xưng vương, hai bên tả hữu có Đinh Điền và Nguyễn Bặc đứng hầu. Người chú chú nghe tin Đinh Bộ Lĩnh xưng vương, thất kinh cầm gươm đuổi đánh. Đinh Bộ Lĩnh phải chạy trốn chú từ làng Mai Phương thuộc xã Gia Hưng qua xã Gia Phương ngày nay đến bến đò Trường Yên (xã Gia Thắng) thì cùng đường bèn kêu rồng vàng (hoàng long) trợ giúp. Rồng vàng nổi lên đưa Đinh Bộ Lĩnh qua sông, người chú nhìn thấy rồng vàng lại thất kinh lần nữa bèn cắm gươm xuống và quỳ lạy theo. Con sông từ đó được mang tên sông Hoàng Long. Nơi người chú cắm Gươm xuống mọc lên một ngọn núi mà người dân nơi đây gọi là núi Cắm Gươm (núi Kiếp Lĩnh). Con đường Đinh Bộ Lĩnh tháo chạy được gọi là đường Vua Đinh hiện nay vẫn còn.

Lễ hội cố đô Hoa Lư luôn có tục rước nước từ sông Hoàng Long về đền Vua Đinh Tiên Hoàng ở khu di tích cố đô Hoa Lư để tái hiện truyền thuyết này.